少年偵探團(tuán)和阿笠博士被之前在露營(yíng)認(rèn)識(shí)的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻倆的熱情招待，當(dāng)他們還在吃烤肉時(shí)丈夫表示找不到手機(jī)，夫妻兩人便一起去客廳尋找，但手機(jī)卻在庭院的椅子下面，當(dāng)步美拿去給他們時(shí)卻看到了駭人的一幕。事件看似是丈夫采取防衛(wèi)時(shí)不小心將刀刺向了妻子，但柯南卻從事件中感受到了強(qiáng)烈的不協(xié)調(diào)感。

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒(méi)想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購(gòu)買(mǎi)咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡(jiǎn)訊中的貓，在柯南等人來(lái)回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來(lái)了訊息，聲稱(chēng)找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？

通過(guò)新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁(yè)得到了一份乍看之下很簡(jiǎn)單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見(jiàn)面場(chǎng)所后依然沒(méi)有見(jiàn)到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開(kāi)事務(wù)所的他們發(fā)覺(jué)了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽(tīng)到了廁所里傳來(lái)的槍聲。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動(dòng)中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過(guò)程中與山崎小姐發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來(lái)到活動(dòng)中心時(shí)花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見(jiàn)了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場(chǎng)抓住，但事件的真相到底是什么呢？

以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫(xiě)腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫(xiě)了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過(guò)來(lái)，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。