小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

戲園被圍，福康安領兵搜查后臺，紀曉嵐自言貪戀風情，才流連忘返，極力為莫愁、小月開脫罪名，且出謀劃策，鼓勵二人告倒贓官、為民伸冤，聽得與此案有干系的和與福康安是心驚肉跳。 四姑娘探知皇上要微服去燕城尋母，慫恿十四王爺借機取而代之；和等為自身利益謀，深怕失去對自己寵幸有加的保護傘，極力阻撓皇上出行。不想皇上尋母心切，哪里聽得進去。并邀小月、莫愁和紀曉嵐相伴，風塵仆仆直往燕城而去。一路所見，多是當地災民之慘狀，頗為痛心疾首。亦下定決心，要紀曉嵐查清事實，嚴加處置那些魚肉百姓的貪官污吏。 一行人初到燕城，與守城衛兵發生沖突，雙方大打出手，為免泄露身份，紀曉嵐與小月、莫愁與“許仙”各扮夫妻住進“天龍客棧”。客棧掌柜被蒙蔽，誤將他們認作是“軍機大臣和”。 和、福康安合謀利用十四王爺篡位之野心來轉移皇上的注意力。 莫愁無意間由“許仙”手中的一把折扇了解到眼前之人乃是九五之尊的當朝天子，不禁百感交集，日思夜想為民除害，未知一國之君近在眼前。

眾閱卷官宴請紀曉嵐，暗地給紀曉嵐的湯里下藥。趙文龍假裝與和珅有秘事商談，小月中計，跟隨兩人到澡堂。和珅故意斥責紀曉嵐沉迷女色，與趙青關系暖昧。紀曉嵐藥性發作，昏睡過去。左山傀帶領眾閱卷官將原始考卷搬走，并造成紀曉嵐抽煙失火的假象。小月越聽越氣，趕回貢院要跟紀曉嵐問個究竟，卻發現紀曉嵐房里失火，于是奮不顧身將其救出。為了找尋徇私舞弊的證據，紀曉嵐帶乾隆前往香積庵。主持了凡正要殺趙青滅口，聞聽紀曉嵐到來，匆忙外出迎接。乾隆以布施為由要參觀香積庵，紀曉嵐提出要察看地牢。了凡有意勾引乾隆。

和珅讓徐有慶根據從乾隆那里抄來的要點擬題，徐有慶表示為了錦繡前程，愿意為和珅效勞。和琳提醒和珅要提防徐有慶，和珅不以為然。紀曉嵐對徐有慶的判若兩人感到不解，決定一探究竟。趙新進由于幫助紀曉嵐調查舞弊之事，遭到奸人陷害而變瘋。趙青表示要替哥哥參加會試。她認為哥哥的名字出現在榜首時，他的病情就會好轉。紀曉嵐苦口婆心地告誡趙青替考也是舞弊露，趙青不為所動，并再度不辭而別。徐有慶告訴紀曉嵐自己在施苦肉計，只為了得到更多和珅的舞弊證據。和珅與和琳從徐有慶的話語中發現了破綻，決定將其滅口，以防后患。紀曉嵐暗示乾隆試題被泄露。王喜知道難逃一死，便服毒自盡，臨死前誣陷紀曉嵐為幕后主使。紀曉嵐意識到徐有慶要遭不測，貼告示尋找徐有慶。臨考前，和珅貌似悠閑地購買了一大批鴿子。鑒于上一次的經驗教訓，乾隆將此次會試的搜撿設置得更加嚴格。