乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

厲春梅得知古大力被抓，很是焦急，要湊錢救出古大力。和珅對紀曉嵐還是不放心，于是決定上門試探。小月連忙把洪仁藏在蚊帳里。和珅誤把洪仁當成紀曉嵐，堅信紀曉嵐變瘋了。為了幫姐姐湊錢，厲小春暗中拿出一個元寶到錢莊換碎銀。被官府的便衣盯上了他、尾隨他至厲家。為了保護厲家姐弟，紀曉嵐化裝成小丑，在官兵面前耍起把式。就在官兵與紀曉嵐要打作一團時，小月趕到，說出紀曉嵐的真實身份。紀曉嵐回到家看到瘋癲的洪仁很是驚訝。和珅上朝時探聽乾隆的口風，看到乾隆并無異樣，和珅與齊蘇圖松了口氣。紀曉嵐和小月將洪仁送到工匠們住的地方。小月旁敲側擊地打聽紀曉嵐與厲春梅的關系，當得知厲春梅的情人就是古大力時，心中很是安慰。齊蘇圖送了一箱元寶給和珅，和珅假意推辭。

眾閱卷官宴請紀曉嵐，暗地給紀曉嵐的湯里下藥。趙文龍假裝與和珅有秘事商談，小月中計，跟隨兩人到澡堂。和珅故意斥責紀曉嵐沉迷女色，與趙青關系暖昧。紀曉嵐藥性發作，昏睡過去。左山傀帶領眾閱卷官將原始考卷搬走，并造成紀曉嵐抽煙失火的假象。小月越聽越氣，趕回貢院要跟紀曉嵐問個究竟，卻發現紀曉嵐房里失火，于是奮不顧身將其救出。為了找尋徇私舞弊的證據，紀曉嵐帶乾隆前往香積庵。主持了凡正要殺趙青滅口，聞聽紀曉嵐到來，匆忙外出迎接。乾隆以布施為由要參觀香積庵，紀曉嵐提出要察看地牢。了凡有意勾引乾隆。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。