為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時(shí)，他注意到了貼在地板上的走位標(biāo)記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當(dāng)他準(zhǔn)備麻醉小五郎時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨(dú)找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要?jiǎng)袼允祝?/p>

柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車去野營。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣淼椒艧熁ǖ母吲_(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見泰美的蹤影，在回來的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬日元，之后因?yàn)闊o力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會(huì)。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。