從現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查回來(lái)以后，柯南已經(jīng)知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬(wàn)事俱備，柯南用花言巧語(yǔ)讓小五郎做了特別辯護(hù)人，開(kāi)庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對(duì)戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說(shuō)都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實(shí)，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對(duì)峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動(dòng)，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢(shì)發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時(shí)，柯南出現(xiàn)……

柯南等人在警視廳鑒證連續(xù)發(fā)火現(xiàn)場(chǎng)遺留的紅馬現(xiàn)場(chǎng)照片，發(fā)現(xiàn)其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國(guó)志中出現(xiàn)的赤兔馬。另一方面，古董品店長(zhǎng)玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關(guān)羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調(diào)查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發(fā)覺(jué)了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯(lián)手調(diào)查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之一)小五郎收到了一個(gè)署名Vermouth寄來(lái)的萬(wàn)圣節(jié)宴會(huì)邀請(qǐng)函，其中還附有一封奇怪的信件，而另一邊，工藤新一也受到了同樣的邀請(qǐng)，可其中的信件卻是寄給柯南的，這或許與黑暗組織相關(guān)，雖然灰原極力阻止，但柯南依舊堅(jiān)持前往。宴會(huì)當(dāng)晚，各種“鬼怪”齊聚一堂，小五郎，園子以及木乃伊、美杜莎、狼人、鐘樓怪人被分為一組，自稱是工藤新一的隱形人也加入了他們，在幽靈船船長(zhǎng)的主持下，瘋狂的恐怖宴會(huì)正式開(kāi)始！