九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

柯南沒想到元太等人也悄悄的跟著他，這時，俊野提起哥哥曾打來電說自己和夏目漱石一樣的小說家在一起，柯南仔細(xì)想了想便明白哥哥想要傳達(dá)的信息。一家在警局旁邊的報社引起了少年偵探團(tuán)的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無奈之下，柯南用變聲領(lǐng)結(jié)給暮目警官打電話，于此同時，元太等人卻私自潛入了報社……

小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族館觀看表演，沒想到在表演現(xiàn)場卻發(fā)生了命案，死者是女演員大沢美智子，警方在調(diào)查中發(fā)現(xiàn)大沢的膝蓋處有貼布，詢問了同事后得知，她的腿偶爾會疼痛，并且在檢查了控制室和蚌殼裝置沒發(fā)現(xiàn)異樣后，推斷出大沢死于意外，然而，跟著警方一起調(diào)查的柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，認(rèn)為這是一件有預(yù)謀的殺人案件。

少年偵探團(tuán)碰到了綠美容館的店長綠和店員美香發(fā)生爭執(zhí)，因從中聽到美香要辭職的信息，步美表示很遺憾，但美香說可以幫步美剪次頭發(fā)。次日，大家陪步美去美香公寓時，卻發(fā)現(xiàn)她橫尸家中，之后警方介入調(diào)查并從死者的指甲縫中發(fā)現(xiàn)藍(lán)色塑膠碎屑，這時店長綠也趕來確認(rèn)尸體，柯南從她的表情和怪異的舉止斷定她就是兇手，可是兇器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目標(biāo)轉(zhuǎn)向垃圾，一番搜查后卻一無所獲，柯南這次真的判斷錯誤嗎?

小五郎受學(xué)生時代認(rèn)識的房東太太宗田光江之托，開導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門打開，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！