諸葛亮（唐國強飾）、劉備（孫彥軍飾）迎接關羽（陸樹銘飾）準備慶賀，可關羽卻來請死，因為他念昔日恩情放了曹操（鮑國安飾）。諸葛亮要斬關羽，張飛（李靖飛飾）、趙云（張山飾）、劉備等都為關羽求情。周瑜（洪宇宙飾）為南郡之事而來，諸葛亮、劉備迎接，二人配合讓周瑜先取南郡，如未取到劉備必取南郡，結果周瑜在取南郡時，襄陽、荊州、南郡分別被張飛、關羽、趙云奪取，周瑜一時承受不住，跌下馬來。

當曹軍急攻烏巢淳于瓊營時，袁紹增援的部隊已經迫近。曹操勵士死戰，大破袁軍，殺淳于瓊等，并將其糧草全數燒毀。袁軍前線聞得烏巢被破，導致軍心動搖，內部分裂，大軍遂潰。袁紹倉惶帶800騎退回河北，曹軍先后殲滅和坑殺袁軍7萬余人，官渡之戰就這樣以曹勝袁敗而結束。

諸葛亮（唐國強飾）來到先帝靈位之前痛苦不已，決定親自率領大軍再次討伐魏國。此時，大將關興不幸去世。魏國派遣司馬懿為大都督迎戰諸葛亮。司馬懿識破諸葛亮計策，蜀軍先鋒部隊大敗而歸。司馬懿知道蜀軍運送糧草不便，開始閉門不戰，以拖延蜀軍戰機。諸葛亮設計木牛流馬，以運送糧草，準備持久戰。司馬懿仿制木牛流馬，卻不知已中諸葛亮之計，魏軍大敗，諸葛亮設計獲得魏軍大量糧草。此役之后司馬懿更加閉門不戰，諸葛亮心急如焚，設法誘敵出戰。

伊籍向劉備（孫彥軍飾）呈上了關羽的求救書信，說明了關羽的情況。此時廖化趕來說明孟達不愿相救。而后士卒來報關羽和其子關平被孫權（吳曉東飾）殺害。張昭進諫吳侯將關羽首級送給曹操（鮑國安飾），讓劉備誤為殺關羽乃曹操之意，東吳便可安全了。曹操被關羽首級嚇到，封其荊王，以王侯之禮葬之。諸葛亮（唐國強飾）推測吳魏所為都是在將殺死關羽之責推于對方，進諫劉備不可興師問罪，先給關羽發喪。曹操安葬關羽后，心神不安，據傳洛陽行宮也常發出異聲怪響，決議另造新殿居住。有一棟梁樹木，工匠斧鋸皆不能伐之，曹操親自拔劍砍之，被樹噴出紅色液體于身上，頓時大驚失色，惶恐離去。曹操回去后頭痛難耐，派人去找華佗，華佗說要打開頭顱，方可去除病根。曹操聽后華佗說自己為關羽刮骨去毒之事，便疑心華佗是想謀害自己為關羽報仇，即命人對華佗嚴刑拷打，華佗臨終前把醫術之書傳給了照顧自己的獄卒。曹操臨終前命眾臣輔佐曹植繼位，且不要讓后人知道自己的墓穴之地。

出師北伐曹丕死后，其子曹睿即位。諸葛亮認為其下皆不足慮，唯司馬懿有謀略。諸葛亮得知司馬懿被革職，認為良機已到，謀劃先出師北伐占領關中地區，進而東進中原滅掉曹操，最后再南下吞并江南滅掉東吳，統一漢室。