小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會(huì)演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長(zhǎng)郎一同前往會(huì)場(chǎng)。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開(kāi)的飯館。大會(huì)結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來(lái)。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報(bào)告說(shuō)市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開(kāi)了事件的真相。

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

小蘭開(kāi)始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來(lái)確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開(kāi)關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫(huà)面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒(méi)有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來(lái)了詢問(wèn)的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場(chǎng)上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個(gè)地方有人愛(ài)自然也有人恨，這時(shí)，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒(méi)想到這竟然是一通恐嚇電話，這個(gè)自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫(xiě)有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬(wàn)人的球場(chǎng)中展開(kāi)了搜查。

小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿的位置，根據(jù)祥子提供的線索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話過(guò)去詢問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？