一家房地產(chǎn)公司的黑心社長(zhǎng)東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對(duì)方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運(yùn)書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營舊書店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

柯南等人來到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結(jié)束……

小五郎和柯南準(zhǔn)備外出吃飯的時(shí)候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動(dòng)和現(xiàn)場(chǎng)的細(xì)節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。