小蘭、園子和柯南三人滑雪時(shí)，意外的碰到小蘭的小學(xué)老師米原等人，并在他們的邀請(qǐng)下住進(jìn)了滑雪別墅里，當(dāng)晚，園子和米原被人襲擊，之后還發(fā)現(xiàn)了遲到的杉山被人勒死的尸體，他們?nèi)齻€(gè)人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個(gè)字，看到這些字下田回到自己房間躲起來，柯南和阿笠博士聯(lián)系后得知三年前杯戶小學(xué)發(fā)生過自殺案件，當(dāng)時(shí)自殺的學(xué)生就叫望月美奈子。

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過。

在關(guān)西知名度極高，與工藤新一同為高中生名偵探的服部平次來到毛利偵探事務(wù)所尋找新一，想要與新一一爭高下。而他隨毛利小五郎前往事件的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，卻入了兇手之圈套，做出了錯(cuò)誤的推理。就在他指出“兇手”，且“兇手”，自己也承認(rèn)了的時(shí)候，工藤新一的聲音卻在門口響起。原來柯南在重感冒的情況下，喝下了服部平次帶來的【老白干】，身體意外的變回了原狀。他完美的分析了整個(gè)案件的作案過程，并揪出了真正的兇手。而就在這時(shí)，他再次變回了柯南......

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒有，接下來的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺，但柯南卻認(rèn)為事件沒那么簡單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來，將春日制服。