與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問(wèn)南里薰，卻在門外聽(tīng)到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒(méi)有被殺害，醒來(lái)之后，南里薰說(shuō)起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來(lái)，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來(lái)，這兩起經(jīng)過(guò)完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

玉之助因?yàn)槭治諆雌鲙е秩嗣婢呋璧乖诜赴脯F(xiàn)場(chǎng)而被警察抓走，另一邊接受調(diào)查的贊助商羅臼卻說(shuō)是玉之助將他邀約出來(lái)，這就造成兩人的證詞相互矛盾。柯南在屋頂發(fā)現(xiàn)了擴(kuò)音器，真相漸漸明晰，這時(shí)，警局又傳來(lái)消息說(shuō)確定羅臼就是兇手，因?yàn)樵诠照壬习l(fā)現(xiàn)了他的指紋，并還發(fā)現(xiàn)了投影機(jī)之類可以幫助犯案的東西，雖然如此但柯南卻肯定兇手并非羅臼。

搞笑藝人廣松晨跑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報(bào)警，不想他這個(gè)第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因?yàn)槭w擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認(rèn)為自己的朋友絕對(duì)不會(huì)殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導(dǎo)下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個(gè)讓人心酸的真相。

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對(duì)于命案異常敏感的柯南立刻就進(jìn)入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長(zhǎng)北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來(lái)找過(guò)北村，但兇器上并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認(rèn)定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？