園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開(kāi)，猶如籠中鳥(niǎo)的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來(lái)。

工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來(lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開(kāi)始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見(jiàn)了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。

警方將這三人都帶到了地下停車場(chǎng)，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說(shuō)“L”的信息，步美和光彥就認(rèn)為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對(duì)他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時(shí)，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說(shuō)出了真相！

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個(gè)人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰(shuí)做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無(wú)人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對(duì)供電的小房子進(jìn)行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個(gè)人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個(gè)！

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過(guò)了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書(shū)也成了懷疑的對(duì)象。另一方面，水無(wú)憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。