為調查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現，沒錯，這些恐怖現象確實是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關，而兇手就是他！

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務，委托小五郎根據他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發現他被人勒死在浴室中，趕到案發現場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發現，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

平次和和葉子預定來找柯南，但到了預定時間還沒有出現柯南他們很擔心。小蘭突然想起了服部說過要和一個叫楠川的偵探見面。不久柯南他們在楠川的公寓找到線索后來到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時服部和和葉正被關在他家的房頂里，原來伊藤的目的是為了逼迫平次解開放有自己偷稅證據的銀行保險箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險？

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現，雖然保護了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨對峙，他能否根據蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實，當大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發生了扭轉，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現……