阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調(diào)解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調(diào)解的當(dāng)事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時(shí)半崎在公園里出現(xiàn)。柯南眾人發(fā)現(xiàn)半崎的疑點(diǎn)，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

震撼警視廳 1200萬人質(zhì) (之一)佐藤警官回憶起了三年前發(fā)生的事情，當(dāng)時(shí)她所在的搜查科來了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動(dòng)。某日，警局再次收到了連續(xù)三年都在這一天發(fā)來的傳真，看過內(nèi)容后，松田不由分說的趕去摩天輪，并在那里發(fā)現(xiàn)了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報(bào)仇，他只身犯險(xiǎn)，卻不幸殉職。這時(shí)，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥警官，豈料悲劇再度發(fā)生。

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時(shí)候說道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場總會(huì)留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

被誤認(rèn)為同學(xué)片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發(fā)現(xiàn)了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發(fā)現(xiàn)被絞死在停在停車場的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時(shí)候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協(xié)助下犯人終于被捕。