就在警察要強(qiáng)行帶走小五郎時(shí)，柯南在機(jī)械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當(dāng)大家要暗中逮捕上原時(shí)，木下出面說(shuō)自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑?？履现匦禄氐礁o神號(hào)調(diào)查并和鈴一起進(jìn)入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫(huà)有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周?chē)归_(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

七年前載滿(mǎn)相當(dāng)于十億日元金子的竜神號(hào)，突然出現(xiàn)在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長(zhǎng)三上邀請(qǐng)小五郎來(lái)演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時(shí)，小五郎差點(diǎn)喪命講臺(tái)，兇手很有可能是島上的守衛(wèi)浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識(shí)。當(dāng)晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

大名鼎鼎的巽律師找小五郎來(lái)酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過(guò)巽律師家時(shí)，看到有好多警察，原來(lái)是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了訂書(shū)針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時(shí)他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場(chǎng)證明，柯南決定重回酒店開(kāi)始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書(shū)針，將這些串在一起，真相只有一個(gè)。

新一請(qǐng)小蘭到米花中心大樓的高級(jí)餐廳吃飯，而且還表示有重要的事情要告訴小蘭，可是卻遲遲說(shuō)不出口。就在此時(shí)突然傳出有人尖叫，原來(lái)是在電梯里面發(fā)現(xiàn)一名遭到槍殺的屍體。死者是在同大樓開(kāi)電玩公司的社長(zhǎng)辰巳泰治。知道新一對(duì)殺人案很好奇的小蘭，叫新一先去破案再說(shuō)。當(dāng)新一趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，警方已經(jīng)到達(dá)，并且認(rèn)為應(yīng)該是為了搶錢(qián)而殺人?？墒蔷椭挥行乱徽J(rèn)為案件沒(méi)這麼單純...