與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實，當大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發生了扭轉，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現……

柯南等人在警視廳鑒證連續發火現場遺留的紅馬現場照片，發現其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國志中出現的赤兔馬。另一方面，古董品店長玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發覺了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯手調查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

在聽取了觀野家主婦節子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節人偶的排列方式上發現了事件的真相。在柯南的解說之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。

在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結識的柯南他們，次日按約定來幫忙。但是，靜沒有出現，好象從前天起就沒回過公寓的樣子。為此擔心的柯南他們由于靜打理家務的女仆人的阻擾而沒能進靜的家得到線索。就在一愁莫展之時，帶著老婆婆絲巾的貓布魯斯出現在柯南他們面前。柯南推斷出婆婆肯能被他人綁架，少年偵探團開始解救婆婆的任務！