步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國中同學(xué)的時(shí)候，遇到了拿著照片四處詢問的本堂英祐，照片上的人正是水無憐奈，但英祐卻堅(jiān)持認(rèn)為水無憐奈和姐姐是兩個(gè)人，于是，小蘭打電話給水無憐奈的超級(jí)粉絲庵野進(jìn)行確認(rèn)，沒想到對(duì)方竟然說她打錯(cuò)了，隨后一行人來到庵野家，他的母親正準(zhǔn)備出門取錢，柯南察覺到事有蹊蹺，斷定讓她打錢的那個(gè)人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無憐奈也進(jìn)入了正題。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

小五郎應(yīng)邀去一個(gè)劇團(tuán)監(jiān)控現(xiàn)場(chǎng)狀況，查看中柯南誤入道具室，沒想到他竟然在那里聽到了演員駒塚的殺人計(jì)劃，而且自己還十分不幸的被駒塚發(fā)現(xiàn)并監(jiān)禁了起來，計(jì)劃逃跑的這段時(shí)間內(nèi)，演員伴野和矢吹陸續(xù)來到這里在道具上做手腳，得知了三個(gè)心懷鬼胎的人所制定的殺人計(jì)劃后，柯南能否在戲劇開始前阻止他們的殺人行動(dòng)？

服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無憐奈的過去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來到了據(jù)說有英祐父親照片的模型店店長的家中，可是，店長卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個(gè)房間。