少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發現在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發現的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結可以追溯的十五年前……

柯南，小蘭和園子與本堂瑛祐來到園子的別墅。但路上卻發現必經的吊橋塌了。小蘭等人決定在有人來接他們前先前往附近的別墅休息。屋主槇野純，天堂享，倉本耀治說他們的別墅被詛咒了。這棟別墅最初是一對富翁兄弟建造的，哥哥說有妖怪從窗外潛入了別墅后便封印了窗戶而次年，哥哥和妻子就相繼去世。之后瑛祐發現窗子上奇怪的影子，之后眾人發現了在屋里上吊身亡的倫子！

應社樂蓮希小姐的邀請，柯南等人來到音樂世家社樂調一郎的公館，蓮希拜托小五郎調查因名琴——斯托拉地巴力毆斯所引起了一連串詭異事件，然而，就在他們談論此事時，旁邊的別館火舌繚繞，在那里小憩的弦三郎也因此喪生火海，大家又重回原來的房間，柯南卻發現了奇怪的煙蒂，在與火樓里的煙蒂對比以后，柯南認定這并不是意外而是故意殺人，并且還將會出現下一個被害者。

小五郎受邀去電視臺參加一個與偵探編劇探討劇本的活動，沒想到在開始之前，居然發生了命案，死者是編劇八神，他因喝了有毒咖啡而死，這些咖啡是由香田所沖泡，因此他的嫌疑最大，可是還有一個問題說不通，那就是兇手如何讓八神準確的拿到有毒咖啡？

巡回劇團伊東玉之助一座再度來到米花鎮，這次演出的戲碼是《竹取物語》，然而飾演主角輝夜姬的片岡蓮華卻在公演當天被人綁架，警察也展開了緊密的搜查，柯南從歹徒傳來的影像中發現，這一切全都是蓮華一手導演，可是待柯南等人趕到囚禁室時卻沒有找到蓮華，反而看到斑斑血跡，看來在這之后她真的被人綁架了，與此同時，舞臺上的大幕也拉開了。