警方開始調(diào)查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場(chǎng)證明，小五郎斷言這是一場(chǎng)意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報(bào)告中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)檢查發(fā)現(xiàn)Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來(lái)水，而O太郎的房間里發(fā)現(xiàn)了監(jiān)聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對(duì)談，柯南跟著毛利小五郎來(lái)到了酒店，但到時(shí)發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來(lái)，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時(shí)卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時(shí)竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

找到失蹤的貓咪后小五郎和柯南拿著酬勞準(zhǔn)備去吃飯，但他們卻突然聽到尖叫的聲音，在樓下他們發(fā)現(xiàn)一對(duì)夫妻死在了家里。死在客廳里的是身中數(shù)刀的前原圣一，而他的妻子前原早紀(jì)則被捆綁在臥室的衣櫥里窒息死亡。警方探查之后認(rèn)為殺死圣一的正是他的妻子早紀(jì)，想要掩人耳目而把自己捆起來(lái)關(guān)入衣櫥的早紀(jì)卻遇到了意外，但真相真是這樣嗎？

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運(yùn)書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……