妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過一面之緣，她當(dāng)時只在座位上坐了一下什么也沒點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見的朋友莊堂來到店里，但久瀨卻再也沒有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場證明。

這天小五郎在賽馬之后來到小酒館巧遇了同樣賽馬的幾位同好。在屋外抽煙的小五郎遇到了來找他的小蘭和柯南，就在眾人回到小酒館時忽然發(fā)現(xiàn)酒館老板娘被刺身亡！在警方調(diào)查了酒館的幾位客人之時發(fā)現(xiàn)扇小姐為了挽救自己的舞蹈班向老板娘借錢的事實(shí)，而其他幾位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察現(xiàn)場后發(fā)現(xiàn)了犯人的身份！

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領(lǐng)悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當(dāng)眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現(xiàn)！但當(dāng)魔犬撲過來時眾人發(fā)現(xiàn)魔犬其實(shí)只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

小五郎曾抓捕過的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因?yàn)闅⑷吮蛔ミM(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來到案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡單，因?yàn)榘赴l(fā)現(xiàn)場除了富樫還有另外一個人。