此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

步美有個(gè)朋友答應(yīng)送給她豪華的七段裝飾人偶，因此步美約柯南等人來(lái)到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水貴與古董鑒定師三重芳春也來(lái)到這戶人家，希望主人能轉(zhuǎn)讓一幅價(jià)值數(shù)千萬(wàn)的壁畫。女主人觀野節(jié)子和繼母彌生拒絕了2人的請(qǐng)求，但就在主人外出后，那幅壁畫失竊了。在警方的調(diào)查下少年偵探團(tuán)的各位發(fā)現(xiàn)了現(xiàn)場(chǎng)的些許的不自然的地方!

無(wú)法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長(zhǎng)家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長(zhǎng)和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來(lái)慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長(zhǎng)女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來(lái)，可船上卻只有一具船長(zhǎng)的尸體和一行字句，事情變得越來(lái)越奇怪了。

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測(cè)鑰匙孔里會(huì)有血便請(qǐng)求測(cè)試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒(méi)有檢測(cè)出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測(cè)的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來(lái)到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過(guò)去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？