大家二次來(lái)到倉(cāng)庫(kù)后發(fā)現(xiàn)了在門(mén)上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤(pán)，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉(cāng)庫(kù)之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來(lái)警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

警方將犯案嫌疑鎖定在三個(gè)人身上，偵訊中警察發(fā)現(xiàn)他們都對(duì)唯利是圖的死者恨之入骨，之后，小林老師魂不守舍的聽(tīng)完了其中兩人的錄音但表示這都不是兇手的聲音便匆匆離開(kāi)了警局。次日，白鳥(niǎo)警官主動(dòng)來(lái)到帝丹小學(xué)向誤會(huì)他的小林老師表明心跡，不想?yún)s遭到了拒絕，當(dāng)晚，情緒低落的小林老師一人在學(xué)校值班，然而，危險(xiǎn)卻悄悄向她逼近……

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來(lái)玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^(guò)程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開(kāi)始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

警方在將這三個(gè)嫌疑人分開(kāi)偵訊之后，又在死者的包里發(fā)現(xiàn)了一把手槍和強(qiáng)盜集團(tuán)百鬼夜行留下的字條，并從小島權(quán)作的秘書(shū)那里得知，他舉辦此次活動(dòng)是為了尋找殺死自己愛(ài)犬的同叫小島的強(qiáng)盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據(jù)被銷毀，但他巧施妙計(jì)讓兇手自己主動(dòng)承認(rèn)了罪行。

雖然警方再次對(duì)這三名嫌疑人進(jìn)行詢問(wèn)，但因?yàn)槊總€(gè)人都坐在看不到我妻點(diǎn)餐內(nèi)容的位置，所以根本無(wú)法預(yù)知死者會(huì)拿哪一盤(pán)壽司，案件再遇瓶頸，這時(shí)柯南在我妻的回轉(zhuǎn)臺(tái)上看到了塑膠包裝的一角，加之博士向灰原借手帕這一細(xì)節(jié)，他突然明白了兇手的作案手法，那么兇手一定是他！于是，柯南以阿笠博士為掩護(hù)當(dāng)場(chǎng)指認(rèn)兇手……