情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護犯案現(xiàn)場等待警察的到來。期間柯南對現(xiàn)場進行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時，卻發(fā)現(xiàn)這個人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識，再次認錯人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號，來到了相約之地……

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺準備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。

一個男子走路的時候差點被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團發(fā)現(xiàn)，為確認身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……

小五郎受邀去電視臺參加一個與偵探編劇探討劇本的活動，沒想到在開始之前，居然發(fā)生了命案，死者是編劇八神，他因喝了有毒咖啡而死，這些咖啡是由香田所沖泡，因此他的嫌疑最大，可是還有一個問題說不通，那就是兇手如何讓八神準確的拿到有毒咖啡？