與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現，雖然保護了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨對峙，他能否根據蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

少年偵探隊這次在阿笠博士的帶領下欣賞精神隊的游行隊伍，沒想到巧遇便衣執行任務的佐藤警官，因為警政廳收到一封反精神隊球迷的警告傳真，預言這場游行將有意外發生，所以警局才會派警員混進游行隊伍進行調查，首先出事的是高木警官的車，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時，又發生了一起爆炸事件。

正當小蘭她們陷入困境的時候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現場的情況并指出有三個奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規定只有七川值班。在新一的引導下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

因為歹徒在炸彈上裝了竊聽器，可以聽到他們的一舉一動，只要他們一逃走，歹徒就會馬上引爆炸彈，于是，柯南建議將炸彈拆除，期間，他突然想起了關于另外一枚炸彈的線索，便和高木警官稍作商量，為正在竊聽他們的歹徒演上一出戲，眼看炸彈上的時間一點點流逝，柯南和高木警官能否瞞過歹徒安全逃脫？而另一邊，目暮警官在天橋上將爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根據什么推斷出另外一枚炸彈的位置呢？

柯南等人在警視廳鑒證連續發火現場遺留的紅馬現場照片，發現其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國志中出現的赤兔馬。另一方面，古董品店長玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發覺了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯手調查下犯人的真面目慢慢浮出水面。