小五郎和柯南準(zhǔn)備外出吃飯的時(shí)候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書(shū)，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動(dòng)和現(xiàn)場(chǎng)的細(xì)節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對(duì)談，柯南跟著毛利小五郎來(lái)到了酒店，但到時(shí)發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來(lái)，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時(shí)卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見(jiàn)了，而這時(shí)竟有人很自然的用他遺失的變聲器開(kāi)始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

為了追蹤倉(cāng)田屋駒吉的下落，柯南等人來(lái)到荻市進(jìn)行調(diào)查，卻不慎遭到了神秘人的槍擊，所幸無(wú)人受傷。因擔(dān)心明日香的安危，毛利小五郎迅速向明日香致電，正當(dāng)二人通話時(shí)，明日香卻遭到了神秘人的綁架。寶田先生告訴眾人犯人疑似是藤木律師，并猜測(cè)明日香被綁架的地點(diǎn)在指月公園。而柯南則在明日香掉落的手機(jī)中發(fā)現(xiàn)了其他線索，只身一人前往目的地搜尋明日香的下落。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

唐三召喚出藍(lán)銀草，藍(lán)銀草迅速長(zhǎng)大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒(méi)有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實(shí)了唐三的第二魂環(huán)繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍(lán)銀草的種子神不知鬼不覺(jué)埋在對(duì)手的皮膚表面，然后用鬼藤把對(duì)手死死纏繞。唐昊蒙面來(lái)到諾丁城，他當(dāng)街?jǐn)r住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當(dāng)天夜里，諾丁城里歡聲雷動(dòng)，人們自動(dòng)取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來(lái)，交給他一瓶修復(fù)武魂的藥水，讓他們?nèi)擞猛暌院蠛煤眯菹⒁煌?，就可以完全恢?fù)了，唐昊承認(rèn)殺死了諾丁城主，他不想驚動(dòng)唐三，想不告而別。唐三突然跟出來(lái)，他通過(guò)藍(lán)銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認(rèn)錯(cuò)，發(fā)誓再也不會(huì)離開(kāi)家，答應(yīng)以后再也不問(wèn)他以前的事了，就想和唐昊繼續(xù)在這里隱居，平平安安過(guò)一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨(dú)立，讓玉小剛帶他去一個(gè)最適合的地方，說(shuō)完這些話，唐昊就揚(yáng)長(zhǎng)而去。唐三向大師打聽(tīng)父親的真實(shí)身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學(xué)苑，成為最強(qiáng)大的魂師，由于唐昊堅(jiān)決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細(xì)介紹了七大宗門辦的魂師學(xué)苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得