走在櫻花盛開的小道上小蘭不由得想起了與新一的初次相遇，那還是在上幼稚園的時候。急忙趕去上班的小五郎不小心踩壞了小蘭的櫻花名牌，英理只能先給女兒用紙做了一塊名牌應(yīng)急，但小蘭卻因為這塊名牌受到其他小朋友的譏諷，同樣是櫻花班的新一稱自己也丟了名牌，他要求小蘭也為自己做一個。

柯南醒來后發(fā)現(xiàn)自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽到風(fēng)聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？

正在公園里踢足球的少年偵探團突然聽到一聲慘叫，房間里沖出來一個人慌張的讓他們報警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場證明，就在眾人一籌莫展時，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開案件提供了關(guān)鍵的線索。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

柯南等人來到方斗寺調(diào)查會預(yù)知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時，突然從房內(nèi)傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結(jié)束……