步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應，但是竟然都沒有檢測出反應！就在這時柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

平松正樹刺殺了社長梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件?？吹矫饭缺黄剿纱虤r的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認了罪行。

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當場身亡。