柯南、小蘭和小五郎去滑雪的時(shí)候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期間，小蘭曾看到雪山上有雪女出沒(méi)。大家在愉快的滑雪回來(lái)后，柯南注意到一同出去的明子和洋子卻并沒(méi)有一起回來(lái)，當(dāng)晚洋子邀請(qǐng)大家一起喝酒，明子因?yàn)榭人圆⑽磪⒓樱稳眨笞优軄?lái)找小五郎說(shuō)明子留下遺書(shū)自殺了，找到尸體后，柯南發(fā)現(xiàn)這根本就不是自殺，而是被人謀殺，兇手就是那個(gè)人！

服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場(chǎng)的二樓倉(cāng)庫(kù)，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問(wèn)及兇手是如何在這個(gè)形如密室中的倉(cāng)庫(kù)作案時(shí)，柯南的回答卻是兇手根本沒(méi)有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場(chǎng)，那么兇手到底如何作案？信一為何會(huì)虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會(huì)導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？

某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說(shuō)他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門(mén)扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見(jiàn)動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開(kāi)這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

尸體被燒焦，根本無(wú)法辨識(shí)他的身份，只能從穿著姑且判斷是蟹江，柯南發(fā)現(xiàn)這具尸體整過(guò)容，并推斷出龜田和鯨井也是葉才三搶劫殺人案的同伙，當(dāng)大伙趕到龜田的房間時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他也消失不見(jiàn)了，柯南和服部推理出現(xiàn)分歧兩人決定各自行動(dòng)，可在調(diào)查期間服部遭遇危險(xiǎn)，沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，甲板上再次響起槍聲，心虛的鯨井決定交代一切，這時(shí)，鯨井突然被不明人士射傷，鮫崎趕到甲板時(shí)卻看到……

和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對(duì)信一的死亡現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來(lái)宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉(cāng)庫(kù)里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒(méi)有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒(méi)錯(cuò)！