少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶(hù)人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門(mén)的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

戶(hù)屋英子是服裝界的名設(shè)計(jì)師，但是她所設(shè)計(jì)的服裝卻搶先被其它的廠商發(fā)表上市。明明知道是她的秘書(shū)盜取商業(yè)機(jī)秘圖利轉(zhuǎn)售卻又無(wú)可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來(lái)到英子的公司。而就在這時(shí)突然發(fā)現(xiàn)英子的秘書(shū)美香被刺身亡。在勘察現(xiàn)場(chǎng)之后柯南最終發(fā)現(xiàn)了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶(hù)屋英子也承認(rèn)了自己的罪行。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛(ài)狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來(lái)是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒(méi)想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說(shuō)。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過(guò)。

小五郎開(kāi)車(chē)的時(shí)候幫助了車(chē)子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會(huì)，期間耕作因兒女們的爭(zhēng)吵以及女兒文子的到來(lái)大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒(méi)想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說(shuō)自己雖恨父親，可兇手不是她，這時(shí)，柯南看到了室外的化肥……