放課后，小林老師神神秘秘的讓同學們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發現黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學們又紛紛從自己的抽屜里找到了數字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發現這個謎題其實是……

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯讓他重新調查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關進了小木屋，就在這時，他因為誤食解藥的身體開始發生變化，逃脫期間掉進了旁邊的湖里，被人發現時他已經失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當時的案發現場日源村長家，并在這里碰見了記者河內深里以及屋田誠人的同學水川萌生。

554 鸛的探索之旅（搜索小蘭篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（蘭捜索編）對應漫畫：動畫原創收視率：9.6%播映時間：2009年11月7日簡介： 柯南和小五郎、小蘭、少年偵探團、哀一起來到城崎溫泉。小蘭與在小道遇到的少女一同行蹤不明。服部平次與和葉出現在搖擺不定的柯南等人面前。平次是接受那位少女，陽菜的父親田布施周平的委托來到此地。事件是昨天田布施美術館中，雕刻家半田夏穗的作品“彩虹之子”與陽菜一起不翼而飛。柯南和平次一同開始尋找小蘭…。

應出版社要求小五郎和知名占星師紫條麗華在她的豪宅進行談話節目的錄制，期間，女演員綠川克拉拉氣沖沖的來找紫條商量事情，簡單交談后，紫條便一人回房工作，直到下午吃晚飯的時候也沒有見她露面，預感到有事情發生的柯南跑到陽臺發現紫條已經死在了房間里，大家從被打破的天窗進入房內，這起密室謀殺案的兇手到底是誰？