園子邀請柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財(cái)閥的別墅也建在旁邊。當(dāng)晚別墅突然停電而向外看時，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現(xiàn)場，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時發(fā)現(xiàn)剛剛到達(dá)的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調(diào)查下最終鎖定了犯人并已園子的身份揭露了犯人的身份。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團(tuán)董事長千金麗花慶生，宴會結(jié)束后，大家的車都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來陪她。當(dāng)晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調(diào)致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時，麗花浸在水里的尸體被發(fā)現(xiàn)。

園子和小蘭被邀請去皆川家參加情人節(jié)派對，柯南悄悄尾隨卻被發(fā)現(xiàn)。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關(guān)谷香的巧克力，又對直道和若松冷嘲熱諷，狀態(tài)不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節(jié)制造了慘劇？

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現(xiàn)，于是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當(dāng)他們到達(dá)肥田的住所時卻發(fā)現(xiàn)肥田已經(jīng)死亡！在詢問死者習(xí)慣的時得知肥田有把錢弄成扇形并舔手指數(shù)錢的習(xí)慣，而小五郎根據(jù)這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現(xiàn)場之后柯南推理出犯人并不是飯野而是另有其人。最終在鐵證面前兇手承認(rèn)了自己的罪行。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？