小月、莫愁趁夜色正濃，救洪御史出逃，但因翻找藏在石料間的帳本，耽擱了時間，未及上路，即被尚榮等圍追堵截。洪霞以御扇相威脅，無奈尚榮橫下心來，必置之死地而后快。 尚榮親審洪御史，曲陽縣令仗義執(zhí)言，通融不成。尚榮判洪家父女與小月三人斬立決。千鈞一發(fā)之際，皇上一行匆匆趕到，一見此景，直隸總督尚榮頓時全身發(fā)軟，癲倒在地。 三百里流放之路走下來，里里長見識，里里有故事，并抓獲了修建望春園時貪污經(jīng)費的元兇，真是不虛此行。但為了小小地教訓一下沒少難為自己的紀曉嵐和總是又瞞又洪的和，找回心理平衡，皇上有意找碴把二人又關進大牢。 在紀曉嵐眼里，和是一個以邀諂媚為己任的小人，而和則說紀曉嵐聰明反被聰明誤，無端招惹是非。皇上離不開兩位讓人讓人愁的臣子，竟來到獄中與二人做起了文字游戲。

經(jīng)過和珅的一再要求，紀曉嵐告訴和珅關于直隸州縣由于災情而欠收之事。和珅懇請乾隆將用作修繕行宮的款項用于賑災。乾隆和紀曉嵐對他刮目相看。老中堂阿桂讓紀曉嵐幫十五阿哥選老師。考慮到十五阿哥很可能會繼承皇位，紀曉嵐推薦了正直而又默默無聞的朱石君。賈三擔心小月替紀曉嵐說媒，貴寧勸賈三與和珅聯(lián)手教訓紀曉嵐。和珅得知貴寧的姐夫就是海升后，頓感“踏破鐵鞋無覓處，得來全不費功夫”，并一改往日對貴寧的冷淡，暗示要想對付紀曉嵐就要先除掉海升這個得力助手，而除掉海升就要從其妻下手。

眾閱卷官宴請紀曉嵐，暗地給紀曉嵐的湯里下藥。趙文龍假裝與和珅有秘事商談，小月中計，跟隨兩人到澡堂。和珅故意斥責紀曉嵐沉迷女色，與趙青關系暖昧。紀曉嵐藥性發(fā)作，昏睡過去。左山傀帶領眾閱卷官將原始考卷搬走，并造成紀曉嵐抽煙失火的假象。小月越聽越氣，趕回貢院要跟紀曉嵐問個究竟，卻發(fā)現(xiàn)紀曉嵐房里失火，于是奮不顧身將其救出。為了找尋徇私舞弊的證據(jù)，紀曉嵐帶乾隆前往香積庵。主持了凡正要殺趙青滅口，聞聽紀曉嵐到來，匆忙外出迎接。乾隆以布施為由要參觀香積庵，紀曉嵐提出要察看地牢。了凡有意勾引乾隆。

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

紀曉嵐與和聯(lián)手派人護送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內(nèi)，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協(xié)助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。