放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

警察在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內(nèi)疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現(xiàn)場，并從一名警察那里聽到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險，本以為這是場單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經(jīng)過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進(jìn)行了偵訊卻并未發(fā)現(xiàn)異常，這時，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？

這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場。原來是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

小五郎帶著小蘭和柯南一起去美容院接妃英理吃飯的途中聽到了奇怪的聲音，停車后，他們發(fā)現(xiàn)格斗家永作司朗的尸體躺在垃圾堆中，警方立刻趕來調(diào)查，他們發(fā)現(xiàn)死者的脖頸部位有許多細(xì)小的毛發(fā),由此推斷永作司朗死亡之前可能在剪頭發(fā)，這時，給妃英理做頭發(fā)的美容家葉坂皆代說自己曾和死者是戀人，于是一行人又到她的美容院查看，雖然她有殺人的動機(jī)和嫌疑但與此同時她也有不在場的證明。