佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

這次的中忍考試將是一次重大的活動，會有許多其他村子的來賓到訪，而作為領隊老師的木葉丸等人更加緊張，因為中忍考試將決定下忍們的未來。說到推薦參賽人員，木葉丸等人和志乃老師一起回憶起了這批學生們的過往，每個學生都很優秀，而其中最優秀也是最讓人頭疼的則是博人，木葉丸開始猶豫要不要讓博人參加考試。

木葉村出現了大規模的民眾游行，他們針對村中的富人和大企業展開聲討，電氣家的雷門公司也未能幸免。這一切都是白夜團煽風點火造成的，他們利用民眾對生活的不滿和日常的壓力借機制造混亂。鹿臺猜出兩義是白夜團的成員，但他卻不想和兩義動手，他只能眼睜睜看著兩義從眼前逃走。

曹操（鮑國安飾）與大臣們商議如何能不讓劉備（孫彥軍飾）與呂布聯合，荀或現二虎盡失計讓劉備與呂布互相殘殺，結果被呂布識破沒能成功。荀或又現趨虎吞狼計。劉備帶人討伐南陽城，袁術知道后起兵10萬去攻徐州城。張飛（李靖飛飾）被留下守城，晚上喝個大醉，打了呂布的老丈人曹豹，呂布知道后，晚上與曹豹里應外合攻下了徐州城。不久，劉備被袁術劫了營寨，兵馬損失極多，落了個無家可歸。呂布用計收留劉備為自己的左右手。袁術派兵追殺劉備，呂布左右為難，設計晏請劉備和袁術的手下談合，后自己脫身。袁術的手下回去后把事情告訴了袁術，并獻計與呂布結親，呂布答應了親事。