小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰也沒想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場上，在場下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個括號和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個不同于前兩次的數(shù)字暗號？

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時，卻發(fā)現(xiàn)這個人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識，再次認(rèn)錯人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號，來到了相約之地……

小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時，小蘭回想起半年前與新一的約會并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對柯南的懷疑。

聽到自己將要被分派到鳥取縣警局進(jìn)行聯(lián)合搜查時，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時，柯南等人在上學(xué)的路上遇到了一個神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒想到的是千葉警官和這個叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當(dāng)時，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？