少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

柯南和步美他們一起玩捉迷藏的游戲，步美躲在一輛車的后車廂中，沒(méi)想到竟然睡著。元太一直都找不到步美，最后柯南終于用無(wú)線電和她聯(lián)絡(luò)上了步美，但步美卻在車的后備箱中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人頭！剛好此時(shí)有件連續(xù)綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個(gè)男人就是那個(gè)事件的歹徒。為了救出步美柯南通過(guò)步美的描述利用滑板開(kāi)始追蹤步美。最終柯南成功追上了步美但所謂的連續(xù)殺人犯卻是誤會(huì)一場(chǎng)。

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來(lái)這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無(wú)法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來(lái)，將春日制服。

打棒球時(shí)，元太不小心傷到一名流浪畫(huà)家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來(lái)畫(huà)家悄悄離開(kāi)。幾日后，畫(huà)家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團(tuán)出動(dòng)，他們按照畫(huà)家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進(jìn)一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫(huà)串聯(lián)起來(lái)，沒(méi)錯(cuò)！兇手就是她。