在案件調查過程中小蘭對柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動，就在她向新一的手機發(fā)送信息想要證實自己的想法時，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒有人，仆人說這種惡作劇時常發(fā)生。之后，警方又對家中的三個嫌疑人進行偵訊，并在柯南的引導下推理出了事情的真相，沒想到兇手竟然與12年前的案件有關聯(lián)。

阿笠博士帶著柯南等人一起來到丸見碼頭釣魚，還在這里結識了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚的位置，唯獨江尻一人在防波塊上釣魚，經(jīng)過了漫長的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚，其余人均無所獲，就在大伙兒準備離開時，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。

小五郎受邀去電視臺參加一個與偵探編劇探討劇本的活動，沒想到在開始之前，居然發(fā)生了命案，死者是編劇八神，他因喝了有毒咖啡而死，這些咖啡是由香田所沖泡，因此他的嫌疑最大，可是還有一個問題說不通，那就是兇手如何讓八神準確的拿到有毒咖啡？

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現(xiàn)了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

放學后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認為鸚鵡一定被這個男人調了包，便瞞著柯南在暗中展開了調查，沒想到事實真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會有生命危險？