小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個人都有作案動機和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產(chǎn)分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認領，為了辨認誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因為那名兇手身上也有一道傷痕。當晚，小五郎泡澡的時候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項鏈又被如何處理了？

柯南和灰原把撿到的貓還給飼主石上時，對面的高利貸事務所發(fā)生了命案，死者正是事務所的老板，他的后腦勺因遭到招財貓的重擊而死，柯南發(fā)現(xiàn)吸塵器的集塵袋被人拿走，并且還在沙發(fā)下找到了招財貓的爪子，警方將出現(xiàn)在現(xiàn)場的村井千佳小姐帶來，一番詢問，村井承認了自己的罪行，就在警察準備帶走犯人時，柯南將小五郎麻醉道出了這件命案的真兇！