毛利偵探事務(wù)所來了三個委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調(diào)解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調(diào)解的當(dāng)事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時半崎在公園里出現(xiàn)。柯南眾人發(fā)現(xiàn)半崎的疑點，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

警方對鱒渕進行偵訊，而當(dāng)時他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭吵，所以警方認定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動機以及她的手法到底是什么？

平松正樹刺殺了社長梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認了罪行。