揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

裝滿水果的寶箱（后篇）

以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場(chǎng)先生時(shí)發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場(chǎng)先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會(huì)中撫養(yǎng)長(zhǎng)大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場(chǎng)先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。