在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來(lái)的足以買(mǎi)下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車(chē)站，遇到了自稱(chēng)是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來(lái)到了萩市，沒(méi)想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

柯南和小蘭來(lái)到妃英理的事務(wù)所，期間，女子柔道冠軍有沢悠子前來(lái)拜訪，為了商量讓她丈夫困擾的跟蹤狂事件，一行人準(zhǔn)備前往有沢家調(diào)查，不想出發(fā)前，她的丈夫說(shuō)自己正在參加朋友的守靈可能會(huì)晚點(diǎn)回去，于是大家決定吃完晚飯?jiān)偃?huì)面，沒(méi)想到當(dāng)柯南他們?nèi)缂s到達(dá)時(shí)，有沢的丈夫已經(jīng)陳尸家中，柯南和妃英理都察覺(jué)到有沢悠子很可疑，可是她卻有不在場(chǎng)證明。

柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國(guó)中同學(xué)的時(shí)候，遇到了拿著照片四處詢(xún)問(wèn)的本堂英祐，照片上的人正是水無(wú)憐奈，但英祐卻堅(jiān)持認(rèn)為水無(wú)憐奈和姐姐是兩個(gè)人，于是，小蘭打電話(huà)給水無(wú)憐奈的超級(jí)粉絲庵野進(jìn)行確認(rèn)，沒(méi)想到對(duì)方竟然說(shuō)她打錯(cuò)了，隨后一行人來(lái)到庵野家，他的母親正準(zhǔn)備出門(mén)取錢(qián)，柯南察覺(jué)到事有蹊蹺，斷定讓她打錢(qián)的那個(gè)人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無(wú)憐奈也進(jìn)入了正題。

鈴木次郎吉宅邸中的大保險(xiǎn)柜——鐵貍是由幕末的機(jī)關(guān)師三水吉右門(mén)衛(wèi)制造的無(wú)法攻陷的最強(qiáng)保險(xiǎn)柜。針對(duì)鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰(zhàn)書(shū)，揚(yáng)言自己將打開(kāi)那個(gè)擊退了無(wú)數(shù)盜賊的堅(jiān)固門(mén)扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯(lián)動(dòng)的防盜裝置，任誰(shuí)想要接近保險(xiǎn)柜都極其困難。在預(yù)告作案的當(dāng)天，中森警官率領(lǐng)警隊(duì)進(jìn)行了嚴(yán)密的布防，可是基德的第二封預(yù)告信還是出現(xiàn)在了保險(xiǎn)柜前，難道他已潛入宅??？