阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說出了真相！

妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

柯南、小蘭和小五郎在百貨公司吃飯的時(shí)候，結(jié)識了樂隊(duì)吉他手中村悠介，之后，小蘭和他一起去地下室拿取CD，沒想到竟然在休息室看到了主唱渡邊友紀(jì)子的尸體，警方立刻展開調(diào)查并且對樂隊(duì)其他人進(jìn)行偵訊，每個人都有殺人的動機(jī)和嫌疑，就在他們互相指責(zé)懷疑之時(shí)，柯南在八樓發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵性的線索，兇手果然就是那個人！

連續(xù)三年都會在生日時(shí)會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時(shí)鐘，而對于時(shí)鐘的準(zhǔn)時(shí)性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時(shí)候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時(shí)，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！