因接到電視臺(tái)的邀請(qǐng)，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個(gè)與職棒選手能勢(shì)和主持人本山對(duì)談的節(jié)目錄制。在機(jī)場(chǎng)與本山會(huì)合之后，一行人打算去能勢(shì)下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢(shì)的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢(shì)死亡的時(shí)候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場(chǎng)證明，那么，他到底是如何往返于兩個(gè)地方犯案的？

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個(gè)節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭(zhēng)論不休，這時(shí)小五郎提議進(jìn)行一場(chǎng)推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長(zhǎng)，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)服部準(zhǔn)確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號(hào)的破解之中，這兩個(gè)人到底誰(shuí)更勝一籌呢？

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會(huì)的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

柯南和光彥等人在放學(xué)的路上遇到了警察辦案，詢問得知，一個(gè)叫江上的婆婆被自己家陽(yáng)臺(tái)的花盆意外砸死，鄰居們都把江上稱為“烏鴉婆婆”，她曾偶然在垃圾堆里翻出中獎(jiǎng)券，于是便常常去翻垃圾窺探鄰居的隱私，而招致大家的反感，就在警方想以意外事件結(jié)案時(shí)，柯南察覺到從樓頂?shù)粝聛淼幕ㄅ韬芷婀郑?jīng)過調(diào)查，他認(rèn)定這是一起蓄意殺人事件。

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……