晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善成為了頭號嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說出了殺人動機(jī)。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護(hù)。擔(dān)當(dāng)公訴人的女士是把英理視為對手的九條玲子。宇佐美堅(jiān)持殺人事件發(fā)生時(shí)什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經(jīng)營的酒店去調(diào)查。小五郎說事件發(fā)生時(shí)宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對此抱有懷疑的態(tài)度。而在柯南的分析下英里發(fā)現(xiàn)40分鐘的空白時(shí)間。最終小五郎是否會出庭作證呢？

柯南在垃圾桶里發(fā)現(xiàn)了被丟掉的便簽紙，客房服務(wù)員也說自己曾在門外發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪內(nèi)容的字條，這時(shí)，警方說在兇器電話線上發(fā)現(xiàn)了小五郎的指紋，案件的偵破進(jìn)入了死胡同，兇手到底是誰呢？妃英理隨意的一句話提醒了柯南，沒錯(cuò)兇手就是那個(gè)人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方聯(lián)手將兇手引入到他們設(shè)下的陷阱之中。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

倫太郎家的餐廳來了一個(gè)叫龜倉雄二的人，在他以報(bào)恩為目的來到這里之后，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉的努力而漸漸生意興隆起來，可倫太郎總覺得事情沒那么簡單，便拜托少年偵探隊(duì)進(jìn)行調(diào)查。龜倉以想菜單為由總把自己關(guān)在屋子里，這讓柯南等人覺得很可疑，這時(shí)，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯(lián)盟案件，于是大家便以這個(gè)案件為參考展開了調(diào)查，柯南認(rèn)為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。