從火災(zāi)現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要?dú)⒑︷^長的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個(gè)事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

事故現(xiàn)場的三人里面可能就有近期惡性循環(huán)破壞車輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風(fēng)情的由美警官卻時(shí)常打斷兩人的獨(dú)處，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車子中柯南看到了他們的共同點(diǎn)，這是兇手想要強(qiáng)迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報(bào)復(fù)行為。