沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場的人。

根據(jù)死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見的高木警官的權(quán)力封鎖了收費站，并且很快將犯人鎖定在三個人身上，之后，他們又在死者的車窗上發(fā)現(xiàn)了兩個小孔，這無疑是揪出兇手的關(guān)鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應對？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

東西南北四個代表簡單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時候卻發(fā)現(xiàn)導播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時，照顧他們起居的甲谷突然說這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時津潤哉說起了一年前的薰衣草殺人事件。時間一點點過去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時，他已死在了密室中。

柯南，小哀，步美等人與阿笠博士一同去了SFMP4電影《星劍戰(zhàn)記Ⅵ》的試映會。開場前，排著隊的柯南等人結(jié)識了攝影師建井文吾。原來，建井是這部電影的忠實影迷，他和女友亞美就是在這部電影的試映會上相識的。而這時建井卻突然接到電話走開，他不自然的行為引起了柯南的注意，最終柯南讓俺們阻止了建井的復仇行為并解開了建井的心結(jié)。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時，警方找到了一個裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。