對時鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調查來賓是古垣透露出犯人肯能是個胖子的證詞，而在調查了所有客人后并沒有發現符合猜想的嫌疑人。在聽到大時鐘的零點報時后柯南發現了犯人利用報時的大時鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認了因為為好友報仇而殺人的事實。

柯南被小五郎拜托照顧一個叫圣誕的兩歲孩子，因為他的媽媽石川茂子最近總是被不明人士跟蹤，于是小五郎暗中進行保護，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時候被人綁架，為解救人質尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進行調查，在一片狼藉的屋內柯南發現了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場無聲的誤會！

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發生奇怪的事件，柯南發現這些案件的發生與宮島七大不可思議傳說相對應。途中，大家結識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關聯？

小五郎受到一個名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來到群馬縣調查真相，途中他們遇見了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯系？辰彥父親同時也是約見地點光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

服部這次帶來的案件是五年前去世的犬伏集團會長的養子女們接二連三離奇死亡的事件，而且據說案件是由身上纏繞火焰像犬一樣的魔物所造成的，因為其中一名養子跟和葉的母親是舊識，于是柯南和服部一起登門拜訪探聽詳細情況，沒想到對方的名字竟然是工藤伸一與工藤新一讀音相似，在他們詢問之前，伸一竟然被人設計成一氧化碳中毒而亡，之后，前來調查的警方從死者口中發現了一顆掉落的珍珠，這會是死者留下的死亡訊息嗎？