當(dāng)前可以確定的是，歹徒已經(jīng)以賓客的身份潛入了婚禮會(huì)場(chǎng)，于是，警方讓新娘躲在門后觀察可疑賓客，最終將目標(biāo)鎖定在三個(gè)可疑人身上，就在警方想要采集這三個(gè)的指紋時(shí)，新郎卻不耐煩的拉著新娘盡快完婚，而這時(shí)，柯南已經(jīng)知道了歹徒的身份，他借小五郎之口指出歹徒，那么，得知真相的警方會(huì)有何行動(dòng)？由美和佐藤警官又有什么秘密計(jì)劃？

除了發(fā)現(xiàn)煙頭，柯南還發(fā)現(xiàn)二川身上多處沾有血跡，博士等人也在懸崖上找到了寫有遺書的手機(jī)，回到旅館后柯南將這件命案告訴了其他人，就在大家根據(jù)二川留下的遺書認(rèn)為他是自殺時(shí)，柯南卻說(shuō)他是被人用鋼管擊中頭部墜落山崖而死，于是少年偵探隊(duì)便對(duì)其他三個(gè)可疑人的房間進(jìn)行檢查，雖然一無(wú)所獲，但柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他讓灰原配合他演戲，沒(méi)想到真的有人上鉤，這個(gè)人就是真兇嗎？

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個(gè)叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實(shí)，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認(rèn)定這并不是一起簡(jiǎn)單的綁架案。

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場(chǎng)的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說(shuō)出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對(duì)情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場(chǎng)證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！