鷹取嚴(yán)男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當(dāng)他醒來時鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫(yī)院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發(fā)現(xiàn)的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發(fā)現(xiàn)了被盜珠寶店的采購員的尸體。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

唐三召喚出藍(lán)銀草，藍(lán)銀草迅速長大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實了唐三的第二魂環(huán)繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍(lán)銀草的種子神不知鬼不覺埋在對手的皮膚表面，然后用鬼藤把對手死死纏繞。唐昊蒙面來到諾丁城，他當(dāng)街?jǐn)r住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當(dāng)天夜里，諾丁城里歡聲雷動，人們自動取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來，交給他一瓶修復(fù)武魂的藥水，讓他們?nèi)擞猛暌院蠛煤眯菹⒁煌恚涂梢酝耆謴?fù)了，唐昊承認(rèn)殺死了諾丁城主，他不想驚動唐三，想不告而別。唐三突然跟出來，他通過藍(lán)銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認(rèn)錯，發(fā)誓再也不會離開家，答應(yīng)以后再也不問他以前的事了，就想和唐昊繼續(xù)在這里隱居，平平安安過一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨立，讓玉小剛帶他去一個最適合的地方，說完這些話，唐昊就揚長而去。唐三向大師打聽父親的真實身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學(xué)苑，成為最強大的魂師，由于唐昊堅決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細(xì)介紹了七大宗門辦的魂師學(xué)苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得

柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內(nèi)，待柯南等人趕到時已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。