為了紀(jì)念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場混亂之時綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

"圣魂村地處偏僻，山路崎嶇，村里人煙稀少，很少與外界接觸。在竹林深處的小木屋里，爐膛里的小火苗燒得正旺，盡管外面下著鵝毛大雪，可是小木屋里卻溫暖如春，少年唐三睡得正酣，他又一次夢到自己來到一個魔幻世界，地上種滿了藍(lán)銀草，遠(yuǎn)處傳來一個女人溫柔的喊聲，她喊著唐三的名字，答應(yīng)會一直等他，唐三被夢嚇醒，他覺得那溫柔的聲音是母親的。唐三冒著大雪出去劈柴，把爐膛的火加到更旺，他準(zhǔn)備好飯菜給父親唐昊送來，發(fā)現(xiàn)他又醉得不省人事，自從妻子三妹難產(chǎn)死后，唐昊就因傷心過度開始酗酒，唐三很小就看到父親這樣，他早已經(jīng)司空見慣，把父親扶到床上睡下。天剛蒙蒙亮，唐三就像平常一樣拿著那本“玄天寶錄”來到森林深處修煉絕技，這門絕技必須在清晨紫氣東來的時候修煉，唐三一心想練到玄天功第九重，可是過了第一重就遇到了瓶頸，他始終無法沖破。唐三聚精會神練功后，返程路上看到倒地的車子，聽到旁邊傳來奇怪的聲響，唐三扒開草叢，發(fā)現(xiàn)人面魔蛛只得慌忙逃跑，逃跑途中擺脫不了只能用他的暗器刺瞎人面魔蛛的眼睛。可這刺激人面魔蛛來尋仇，唐三拼命反抗，人面魔蛛對他步步緊逼，招招致命，唐三嚇得落荒而逃，魔蛛對他窮追不舍，唐三腳下一滑摔倒在地，他嚇得緊

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……

唐三帶著小舞急匆匆趕回學(xué)苑，準(zhǔn)備參加下午的魂師會長競選大會，小舞信心滿滿，沒想到競選大會早已經(jīng)結(jié)束了，蕭塵宇仗著人多勢眾當(dāng)選了魂師會會長，還給附課生準(zhǔn)備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒有時間上課，就連魂力訓(xùn)練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因為諾丁城和學(xué)苑都是蕭氏家族的。唐三無意中發(fā)現(xiàn)城主府的魂師凌風(fēng)派人抬著一個笨重的鐵籠子來到學(xué)苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿腹疑慮，就用意念召喚藍(lán)銀草，想進去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩(wěn)定心神讓自己靜下心來，藍(lán)銀草越長越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風(fēng)抓來的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現(xiàn)一圈白色的魂環(huán)，蕭塵宇把魂環(huán)緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚言要和唐三決一死戰(zhàn)。唐三連夜去找玉小剛請教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應(yīng)幫他獲得魂環(huán)，讓他今晚準(zhǔn)時來見面。深夜時分，唐三看到小舞已經(jīng)熟睡，就匆匆趕來見玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環(huán)，可是需要武魂殿的通關(guān)手令才能進森